Мотоцикл был представлен в 2012 году на выставке Intermot в Кельне, серийное производство модели стартовало в 2013-м. Главной изюминкой байка является несколько нестандартная для японской техники 120-градусная последовательность работы цилиндров. Такая конструкция двигателя Yamaha MT 09 обеспечивает плавность кривой крутящего момента в широком диапазоне оборотов.
Из других технических особенностей нового «нейкеда» отметим алюминиевую литую раму, переднюю вилку перевернутого типа, ассиметричный задний маятник, а также амортизатор задней подвески, расположенный под седлом максимально близко к центральной оси. В целом подобная компоновка позволяет при сравнительно короткой базе MT 09 добиться идеальных характеристик центровки масс и развесовки.
В 2015 году была выпущена туринг-модификация мотоцикла, отличающаяся ярко выраженным передним обтекателем, увеличенным до 18 литров топливным баком, измененной приборной панелью, D-режимом системы управления тягой и светодиодной оптикой. В 2016 году на базе двигателя, рамы и ходовой «девятки» стал выпускаться заводской скрамблер XSR 900.